Apple SiliconでEmbossをインストールする[MacOs14.1]

Posted Oct 31, 2023 Updated Oct 5, 2024

By jhchun

5 min read

インストール方法が多く、いろいろ試してみたのですが、失敗したので記録用として残しておきます。

インストール環境
Mac M1 Pro
Mac os 14.1 Sonoma
Homebrew

公式ホームページのインストール方法を紹介します。 [

EMBOSS Downloads

](https://emboss.sourceforge.net/download/) ここの方針通り、ftpファイルをfinderで開き、tar.gzファイルを保存します。

その後、圧縮を解除し、フォルダへ移動後、以下のコマンドを実行します。

$ cd <your directory>/EMBOSS-6.6.0
$ ./configure --without-x
$ make
$ sudo make install

この方法で試したのですが、以下のエラーが出ました。

...

ajsql.c:3048:10: error: expected identifier or '('
    bool = ajSqlcolumnToStr(sqlr, &str);
         ^
ajsql.c:3050:8: error: expected expression
    if(bool)
       ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3055:12: error: expected expression
    return bool;
           ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3077:12: error: cannot combine with previous 'type-name' declaration specifier
    AjBool bool = ajFalse;
           ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3077:17: error: expected identifier or '('
    AjBool bool = ajFalse;
                ^
ajsql.c:3092:10: error: expected identifier or '('
    bool = ajSqlcolumnToStr(sqlr, &str);
         ^
ajsql.c:3094:8: error: expected expression
    if(bool)
       ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3099:12: error: expected expression
    return bool;
           ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3121:12: error: cannot combine with previous 'type-name' declaration specifier
    AjBool bool = ajFalse;
           ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3121:17: error: expected identifier or '('
    AjBool bool = ajFalse;
                ^
ajsql.c:3136:10: error: expected identifier or '('
    bool = ajSqlcolumnToStr(sqlr, &str);
         ^
ajsql.c:3138:8: error: expected expression
    if(bool)
       ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3143:12: error: expected expression
    return bool;
           ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3165:12: error: cannot combine with previous 'type-name' declaration specifier
    AjBool bool = ajFalse;
           ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
ajsql.c:3165:17: error: expected identifier or '('
    AjBool bool = ajFalse;
                ^
ajsql.c:3180:10: error: expected identifier or '('
    bool = ajSqlcolumnToStr(sqlr, &str);
         ^
ajsql.c:3182:8: error: expected expression
    if(bool)
       ^
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/15.0.0/include/stdbool.h:20:14: note: expanded from macro 'bool'
#define bool _Bool
             ^
fatal error: too many errors emitted, stopping now [-ferror-limit=]
1 warning and 20 errors generated.
make[3]: *** [libajax_la-ajsql.lo] Error 1
make[2]: *** [all] Error 2
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make: *** [all-recursive] Error 1

[以下のページを参考] [

Steps to install EMBL-EBI EMBOSS on Apple Silicon Mac - A Bit Technical

EMBL-EBI EMBOSS is a set of bioinformatics tools, such as the pairwise sequence alignment software Needle, that run on Mac, Linux, and Windows. But neither Anaconda or Homebrew provides the package for Apple Silicon (ARM64). Furthermore, Safari doesn’t allow users to access EMBOSS’ or any other FTP…

A Bit TechnicalHide

](https://abittechnical.work/en/steps-to-install-embl-ebi-emboss-on-apple-silicon-mac/) —

次に試したのが、Macportを使ってインストールする方法です。 [

Install EMBOSS on macOS with MacPorts

](https://ports.macports.org/port/EMBOSS/) こちらの方法でインストールします。

本方法は、Macportをきちんとインストールしていれば問題なくインストールすることはできました。ただ、自分の場合はHomebrewをDependency管理ツールとして使っていたのでもう一方をインストールしたくなかったので、インストール中に断面し、全てを消しました。

[参考 - アンインストール方法]

$ sudo port -fp uninstall installed
$ sudo dscl . -delete /Users/macports
$ sudo dscl . -delete /Groups/macports

# 以下でフォルダがない場合は除外します。
$ sudo rm -rf \
    /opt/local \
    /Applications/DarwinPorts \
    /Applications/MacPorts \
    /Library/LaunchDaemons/org.macports.* \
    /Library/Receipts/DarwinPorts*.pkg \
    /Library/Receipts/MacPorts*.pkg \
    /Library/StartupItems/DarwinPortsStartup \
    /Library/Tcl/darwinports1.0 \
    /Library/Tcl/macports1.0 \
    ~/.macports

最後に試したのが、Homebrewを用いたインストール方法です。

以下のコマンドでインストールできます。

brew install brewsci/bio/emboss

これで無事インストールできました。

雑

This post is licensed under CC BY 4.0 by the author.

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